ヒマワキシティ

・ヒマワキジムに行き、ジムリーダーナギに勝利し、フェザーバッジと、 技マシン40（つばめがえし）をもらう。

121番道路

・おくりびやまへ向かおうとするマグマ団（アクア団）を発見する。

ミナモシティ

・デパートに入ろうとすると、ハルカ（ユウキ）とバトルすることに、 勝利後、デパートに入れるようになる。

おくりびやま

・マグマ団（アクア団）に、あいいろのたま（べにいろのたま）を盗まれてしまう。 おじさんから、べにいろのたま（あいいろのたま）を預かる。

カイナシティ

・海底調査から帰ってきたクスノキと再開する。会話している間にマグマ団（アクア団） に潜水艇を盗まれてしまう。

ミナモアジト

・マスターボールを必ずとっておく。 ・幹部とバトルして勝利後、潜水艇が出発してしまう。

トクサネシティ

・民家ですごいつりざおをもらう。 ・ダイゴから、ひでんマシン08（ダイビング）をもらう。 ・トクサネジムに行き、ジムリーダーフウとランに勝利し、マインドバッジと技マシン04 （めいそう）をもらう。

128番水道

・かいていどうくつにて潜水艇を発見する。 ・かいていどうくつをおくに進むと、リーダーとバトルすることに、勝利後リーダーが持って いたあいいろのたま（べにいろのたま）がひかり、グラードン（カイオーガ）が目覚めてしまう。 しかし、消えてしまい、外に出ると、激しい日照り（大雨）になる。

ルネシティ

・ダイゴにミクリを紹介され、めざめのほこらへ行く。 ・めざめのほこらを進んでいると、ひでんマシン07（たきのぼり）をひろう。 ・グラードン（カイオーガ）を倒すか、捕まえると、激しい日照り（大雨）がとまる。 ・ルネジムに行き、ジムリーダーミクリに勝利し、レインバッジと技マシン03（みずのはどう） をもらう。

おくりびやま

・あいいろのたま（べにいろのたま）を返しにきたリーダーと会う、べにいろのたま（ あいいろのたま）を返すと、海と大地のバランスが戻る。

サイユウシティ

・チャンピオンロードの出口付近でミツルとバトルする。 ・ポケモンリーグに挑戦する、殿堂入りすると空の柱が出現し、連絡船タイドリップ号が運航する。

ミシロタウン

・お父さんから、船のチケットをもらい、バトルタワーにいけるようになる。